Создатель Pagani Automobili – Горацио Пагани, аргентинец, работавший на заводе Lamborghini,c 1983 по 1991, дослужившись в конце концов до руководителя отдела композитных материалов на заводе в Sant’ Agata Bolognese. Толчок к созданию новой автокомпании дала его встреча с другим знаменитым аргентинцем – Хуаном Мануэлем Фанджио, одним из самых титулованных гонщиков за всю историю проведения автогонок.
В январе 1988 года, во время совместного обеда, у Горацио Пагани возникла идея создать автомобиль в честь пятикратного чемпиона мира в классе «Формуле 1». Пагани рассказал о своей идее Фанджио, который внимательно выслушал его и посоветовал оснастить новый автомобиль двигателем марки Mercedes. Таким образом, аргентинский гонщик выразил свою благодарность и верность знаменитой компании, которой он был обязан всей своей карьерой. Первые эскизы нового суперкара с 12-цилиндровым V-образным двигателем Mercedes были разработаны и представлены Фанджио уже в августе 1988 года. Пагани решил создать автомобиль для серийного производства в духе классических спортпрототипов.
В 1991 он расстался с Lamborghini, чтобы основать собственную компанию Modena Design по изготовлению деталей и узлов из композитов. Разработка и изготовление композитных компонентов для таких видных заказчиков, как Ferrari (в том числе и для “формульных” машин), Lamborghini, Renault и Aprilia (мотоциклы), позволили ему финансировать в 1999 основание Pagani Automobili Modena. Пагани окончательно определил формы и пропорции будущей Zonda, вдохновившись линиями знаменитых «огненных серебрянных стрел» группы С и, в частности, С9, победителей 24-часовых гонок в Ле Ман в1989. Первая машина была построена в 1999 году и была выставлена на Женевской выставке в том же году.
Хорошо зная технологии и материалы, используемые в гонках, и опираясь на компетенцию, приобретенную его предприятием в области композитных материалов, Пагани остановил свой выбор на монококе из карбона, а что касается мотора, то оставаясь верным советам Фанджио, он решил оснастить Zonda 12-цилиндровым V-образным двигателем Mercedes, расположенным сзади продольно. Машина имеет задний привод, несмотря на то, что в какой-то момент предпочтение отдавалось интегральной трансмиссии.
Сегодня, Pagani может гордиться проделанной работой. Zonda – бесспорно, один из наиболее успешных и конкурентноспособных мировых автомобилей, именно в своей последней версии, снабженной 12-цилиндровым V-образным двигателем объемом 7,3-литра, предоставленным Mercedes/AMG.
В 2007 году на автосалоне в Женеве Пагани представил «разогнанный» вариант купе Zonda. Версия F получила 7,3-литровый двигатель от мерседесовского подразделения AMG, мощность которого была поднята с 555 л.с. до 602 л.с., а крутящий момент – до 760 Нм при 4000 оборотах. Таким образом отношение веса машины к её мощности достигло 2,04 кг \  л.с. Мощность двигателя передается через шестиступенчатую коробку передач на задние 20-дюймовые колеса с шинами 335/30 впереди. Впереди же у автомобиля 19-дюймовые колеса с шинами размерности 255/35. За доплату можно оснастить автомобиль керамическими тормозами, которые более производительны, однако и менее долговечны. Pagani Zonda F разгоняется до 100 км/ч за 3,6 сек., скорости в 200 км/ч автомобиль достигает всего через 9,8 секунд после начала разгона, а максимальная скорость - больше 345 км/ч.
Zonda F внешне от своих "братьев", моделей Zonda и Zonda Roadster, отличается только сзади. Купе получило новый задний диффузор и антикрыло. Кроме того, за доплату можно заказать капот с прозрачным окном, через который видно двигатель.
В сентябре 2007 года компания Pagani опубликовала новые компьютерные рисунки своего эксклюзивного гоночного автомобиля Zonda R, на котором можно будет ездить только на специальных треках. Суперкар будет выпущен ограниченным тиражом в десять экземпляров, а первые такие автомобили поступят к владельцам уже в марте 2008 года.
Кузов новинки будет полностью сделан из карбона. Колесная база такой машины по сравнению с Zonda F будет увеличена на 47 миллиметров, колея - на 50 миллиметров, а общая длина кузова - на 394 миллиметра. Pagani Zonda R станет оснащаться шестилитровым двенадцатицилиндровым бензиновым двигателем мощностью 750 лошадиных сил, который будет агрегатироваться с шестиступенчатой секвентальной коробкой передач. Динамические характеристики этого автомобиля пока не сообщаются, однако по информации британского журнала Autocar, до 160 километров в час гоночная Zonda будет способна разогнаться всего за шесть с половиной секунд. Соотношение массы к мощности составит около 650 лошадиных сил на тонну.